A Déri Múzeum természettudományi gyűjteményét az 1940-es évek második felében szervezték meg. A múzeum megnyitásától számítva mintegy másfél évtizedes késéssel kialakított gyűjteménynek három "forrása" volt. Az egykori Városi Múzeum fennmaradt természetrajzi tárgyai, Déri Frigyes adományának föld- és őslénytani része, valamint a második világháborúban súlyos károkat szenvedett Hortobágyi Múzeum megmentett madártani anyaga. Ezen a kezdeti alapon jött létre, majd formálódott és fejlődött tovább a Déri Múzeum természettudományi egysége. Az egyes gyűjteményi részek kialakításában, gyarapításában és gondozásában meghatározó szerepet játszottak a Déri Múzeum és a természettudományi osztály korábbi muzeológus munkatársai: Sőregi János, Horváth Lajos, Szűcs Lajos, Ötvös János, T. Horváth Ildikó és Lovas Márton.
A gyűjtemény műtárgyairól szóló írásokat a Historia Naturalis Museologica blogon olvashatják.
Déri Frigyes föld- és őslénytani gyűjteménye
A kisebb részben ásványokból-kőzetekből, nagyobb részben pedig növényi és állati eredetű kövületekből álló gyűjtemény 1912-ben került Déri Frigyes (1852—1924) birtokába, majd onnan adományként a Déri Múzeumba. A gyűjtemény darabjai szinte kivétel nélkül Közép-Európa országaiból, elsősorban a mai Németország, Svájc, Ausztria, Csehország és Lengyelország területéről származnak. Az ásványok között főként kvarcféleségek, gipszképződmények, kalcit- és aragonitváltozatok vannak, de található még a gyűjteményben pirit, kalkopirit, galenit, limonit, hematit, antimonit, barit, fluorit, kén és talk is. Különlegesnek számítanak az Eifel-hegységből származó augit-szemcsék, a csehországi Neudeckben talált turmalin, a radowenzi aktinolit és a joachimsthalli uránszurokérc.
A kövületek gyűjteménye paleobotanikai és paleozoológiai egységből áll. A növényi maradványokat levéllenyomatos kőzetek képviselik. Kiemelt értékként tartjuk számon a karbon időszaki kőzetben megőrződött őspáfrányok szénült (szenesült) rajzolatait, amelyek a gyűjtemény legidősebb darabjai. Ebből a korból származnak a pikkelyfa (Lepidodendron) levélripacsos törzstöredékei is. Az állati eredetű ősmaradványok nagyobb számban vannak jelen gyűjteményünkben. Vannak közöttük valódi testfosszíliák, az ősmaradványok negatív formáját mutató lenyomatok, és az egykori meszes héjakat (pl. kagyló- és brachiopoda-teknőket, nautilus-, ammonitesz- és csigaházakat) kitöltő szilárd anyagból létrejött kőbelek. Az egysejtűek között említésre érdemesek a likacsoshéjúak (Foraminifera) közé tartozó nummulitesek, melyek "Szent László pénzeként" a magyar történelmi legendáriumban is helyet kaptak. Szép darabokkal képviseltek a szivacsok (Porifera), korallok (Anthozoa), pörgekarúak (Brachiopoda), csigák (Gastropoda), kagylók (Lamellibranchiata), fejlábúak (Cephalopoda) és tüskésbőrűek (Echinodermata) rendszertani csoportjai. A gerinces állatokat két hallenyomatos kőzet, két kövült cápafog és néhány töredékes ősemlős-maradvány (pl. mastodon- és mamutfog) képviseli. Látványos darabja ennek a gyűjteményi résznek az a 140 millió éves hallenyomat, ami egy felsőjurában élt csontoshal (Leptolepis sp.) körvonalait őrizte meg solnhofeni litográfpalában. Hasonlóan érdekesek az 1,5—1,6 millió évvel ezelőtt kipusztult óriás őscápa (Procarcharodon) konzerválódott fogmaradványai.
Ásvány- és kőzetgyűjtemény
A Déri Múzeum újabb kori ásvány- és kőzetgyűjteménye az 1980-as évek elején jött létre a Szőnyi Pál Ásványgyűjtő Kör segítségével és közreműködésével. Az első nagyobb kollekciót a Kör tagsága ajándékozta a múzeumnak. A következő évtizedekben adományozások, saját gyűjtések és vásárlások útján tovább gyarapodott a gyűjtemény, jelenleg mintegy 1000—1200 darabból áll. A hagyatékokat és az értékesebb tárgyegyütteseket külön kezeljük. Meghatározó részei gyűjteményünknek a Böttkös Sándor (1939—2006), Maklári Tibor (1928—1996), Bakóczi Zoltán (1924—1982) és Farkas Lajos (1920—2010) hagyatékából hozzánk került ásványok.
Gombagyűjtemény
A 221 gombafajt felvonultató gyűjtemény Debrecen és a környék erdőinek, rétjeinek makrogombáit tartalmazza vékony metszetek formájában. A gyűjtemény darabjai az alábbi Hajdú-Bihar megyei lelőhelyekről származnak: debreceni Nagyerdő, Bánk, Haláp, Gút, Téglás, Hortobágy, Ohati-erdő, Tiszacsege. A gombákat Ötvös János gyűjtötte, preparálta és ő végezte el a meghatározást, rendszerezést is.
Növénygyűjtemény
A herbárium legkorábbi lapjai az 1902-ben alapított Szabad Királyi Debrecen Város Múzeuma természetrajzi gyűjteményéből származnak. Ebből a korszakból egy több mint száz éves herbárium két kötete maradt fenn. A növénygyűjtemény Debrecen hortobágyi birtokrészeinek lágyszárú növényfajaiból ad ízelítőt. Az 1900.évi párizsi világkiállításon bemutatott régi herbárium értékét emeli, hogy lapjait díszes debreceni bőrkötés fűzi egybe, ami Dávidházy Kálmán könyvkötőmester műhelyében készült a 19. század legvégén.
A herbárium törzsanyagának kialakítása Ötvös János nevéhez fűződik. Kevés kivételtől eltekintve ő gyűjtötte és preparálta a közel két és félezer lágyszárú növényt, melyek jellemző fajokkal reprezentálják a Közép-Tiszántúl flóráját. Kisebb számban észak- és dél-tiszántúli gyűjtőhelyekről is kerültek növények a múzeumba. A legtöbb lapon olyan virágos növények tanulmányozhatók, amelyek a debreceni Erdős-puszták, a Hortobágy, a Sárrét, a Hajdúság és a bihari területek különböző élőhelyeiről származnak. A gyűjtemény készítője az adott területre jellemző fajok átfogó bemutatására törekedett.
Ötvös János kárpáti havasokban folytatott geobotanikai tanulmányait szemlélteti a herbárium azon része, amelyben a Kárpátok magasabb térszínein gyűjtött növények találhatók.
Rovargyűjtemény
Az entomológiai gyűjteményben, melynek darabszáma meghaladja a 16 ezret, elsősorban a Hortobágyról, Halápról és Mikepércs környékéről rendelkezünk adatokkal. A felsorolt területeken Ötvös János és Lovas Márton végeztek szisztematikus kutató- és gyűjtőmunkát. Az általuk létrehozott gyűjtemény anyaga a félrovarok (Protura) rendjétől a szipókás rovarok (Rhynchota) rendjéig tartalmazza a rovarrendeket. Legnagyobb súllyal a bogarak (Coleoptera) rendje képviselt. Az ide tartozó rovarok gyűjteményben szereplő példányainak száma kb. ötezer, közöttük több ritkaság is van.
Lepkegyűjtemény
A Lepidoptera-gyűjtemény több mint félezer darabból áll. Anyagát Ötvös János gyűjtötte 1962 és 1972 között. A lepkék túlnyomó része Hajdú-Bihar megye területéről származik, kisebb része Magyarország egyéb vidékeiről, elsősorban az Északi-középhegységből került a Déri Múzeumba. Az anyag főként a debreceni Nagyerdő lepkefaunáját képviseli. A 83 nagyerdei adatot a debreceni Erdős-pusztákon végzett kiegészítő gyűjtések eredményei 91 további faunisztikai adattal egészítik ki. Tekintélyes részt képviselnek a Hortobágyon végzett gyűjtések: Hortobágy, Ohat és Egyek gyűjtőhelyekről 50 adattal rendelkezünk. A Tisza-ártér lepkefaunájáról tájékoztat a Tiszecsege környékén folytatott gyűjtés 1964-ből, mely 55 faunisztikai adatot szolgáltatott. Megyénk bihari részein Herep, Konyár és Komádi szerepelnek a gyűjtőhelyek listáján. Ezekről a területekről 38 adatot őrzünk a gyűjteményben. A nyírségi homoki tölgyesek lepkevilágáról kialakított ismereteinket árnyalják a Fényi-erdőben végzett gyűjtések két adattal.c
Madárgyűjtemény
A gyűjtemény alapítója Sőregi János (1892—1982) múzeumigazgató volt, akinek elévülhetetlen érdemei voltak a Hortobágyi Múzeum ornitológiai tárlatának kialakításában. A pusztai bemutatóhely madáranyaga a második világháború után került a Déri Múzeumba. Lényeges megemlíteni, hogy 1951—52-ben kutatóbiológusként dolgozott gyűjteményünkben Horváth Lajos (1914—1994) ornitológus. A 20. század második felében történt jelentős gyarapodások eredményeként a Déri Múzeum madártani gyűjteménye jelenleg 225 montírozott madárpreparátumból, 19 madárbőrkészítményből, 13 fészekből, 26 tojásból és 14 madárkoponyából áll. A múzeumban található még egy önálló, közel 2 ezer darabos oológiai (tojástani) gyűjtemény is, aminek döntő hányadát apró termetű trópusi díszmadarak tojásai adják, kisebb részét hazai madárfajok tojásai alkotják. A tojásokat Siroki Zoltán (1906—1987) díszmadártenyésztő és ornitológiai szakíró gyűjtötte, preparálta. Ugyancsak külön gyűjteményként tartjuk nyilván Radó András (1913—1984) hortobágyi állatorvos 21 darabos vadkacsa-gyűjteményét, ami 1985—86-ban került a Déri Múzeumba.
Emlősgyűjtemény
A gyűjteményben Debrecen térségében honos emlősállatok preparátumai, továbbá a debreceni Nagyerdőn és az Erdős-pusztákon elejtett őzek (szarvasok) trófeái, valamint egy rackakoponya található.
Egyéb gyűjtemények
Folyadékos zoológiai készítmények
Ebben az egységben alkoholban, formalinban konzervált állatok: rovarok, rákok, halak, kétéltűek és hüllők találhatók.
Természetrajzi ritkaságok
Azok a tárgyak tartoznak ide, amelyek nem megyei és hazai gyűjtőhelyekről kerültek a gyűjteménybe. Ide sorolhatók a különböző tengeri élőlények maradványai (pl. korallok) vagy távoli tájakon, más kontinenseken, trópusi éghajlatú vidékeken gyűjtött növények, állatok (pl. madagaszkári rovarok).
Hagyatékok – kutatók, tanárok, természettudósok emlékanyagai
Ebben a részben debreceni és hajdú-bihari születésű, vagy a gyűjteményhez, városhoz, megyéhez erős szálakkal kötődő kutatók, tanárok, természettudósok szakmai hagyatékát, emlékanyagát őrizzük és gyűjtjük. Itt található Soó Rezső diahagyatéka, mely a botanikus professzor és felesége jelentősebb külföldi utazásairól ad képet. Nagy becsben tartjuk Csinády Gerő (1902—1970) földrajztudós "Régi magyar geográfusok lexikona" c. könyvének gépiratát, amit a Déri Múzeum 2011-ben önálló kötetben jelentetett meg. Ehhez a gyűjteményi részhez tartozik Ötvös János (1911—1991) biológus hagyatéka is. A gyűjtemény egykori munkatársától gép- és kéziratokat, rajzokat, jegyzeteket, természetrajzi gyűjtőeszközöket, fényképezőgép-apparátust, dia- és papíralapú fotósorozatokat, biológiai témájú bélyeggyűjteményt őrzünk.
Hajdú-Bihar megye természeti értékei c. diapozitív-sorozat
A 3520 darabos gyűjtemény Hajdú-Bihar megye (és kisebb részben más hazai területek) természeti értékeit bemutató eredeti felvételekből áll. A színes diaképek legnagyobb részét a természettudományi osztály korábbi munkatársai: Ötvös János, T. Horváth Ildikó és Lovas Márton készítették a megye területén folytatott terepgyakorlataik során.
Szertári eszközök, természettudományi modellek
Igyekszünk felkutatni és összegyűjteni a természetrajzi – földtani, földrajzi, biológiai, kémiai – oktatás és kutatás során alkalmazott régi műszereket, labor- és taneszközöket, szertári kellékeket.
Természettudományi szakkönyvek, folyóiratok
A gyűjteményben geológiai, földrajzi, növény- és állattani művek, útirajzok, útikönyvek és természettudományos szak- és ismeretterjesztő folyóiratok évfolyamai találhatók.
Gyűjteménytörténeti adat-, irat- és fotótár
Ebben az egységben a természettudományi gyűjtemény történetére és kiállításaira vonatkozó fényképeket, írott dokumentumokat (éves munkabeszámolókat, terveket, kiállítási forgatókönyveket, megnyitóbeszédeket, tanulmányok és cikkek kéziratait, különlenyomatokat, lektori véleményeket, meghívókat, szórólapokat stb.) gyűjtjük.
A képre kattintva Galéria nyílik meg